Ihr wurde der wütende Feuersturm zum Verhängnis. Die Innenpfeiler konnten der enormen Hitze nicht mehr standhalten. Sie glühten aus. So kam es, dass das ganze Bauwerk am 15. Februar in sich zusammen stürzte. Nur die Umfassungsmauern des Chors bis zum Hauptgesims und ein Rest des nordwestlichen Eckturms blieben noch stehen.
In der DDR blieb der Trümmerberg mitten im Stadtzentrum von Dresden über 40 Jahre lang als Mahnmal erhalten, ähnlich der Ruine der Berliner Kaiser-Wilhelm-Gedächtniskirche.
Jedes Jahr trafen sich hier am 13. Februar Menschen der Friedensbewegung um des Krieges zu gedenken. In den 80er Jahren wurde auch schon über einen Wiederaufbau gesprochen. Es fehlte jedoch an finanziellen Mitteln, sowie gab es Einwände von kirchlicher und politischer Seite.
Erst nach der Wende dachte man immer konkreter daran, die Kirche wieder aufzubauen. Das Konzept entwickelte eine dafür speziell ins Leben gerufene Kommission, der unter anderem einige berühmte Dresdner, wie Ludwig Güttler, angehörten. 1994 wurde dann der erste Grundstein gelegt und zwei Jahre später begann der eigentliche Wiederaufbau.